防衛省設置法の改正に伴って、防衛省では１日から、自衛隊トップの統合幕僚長などいわゆる制服組の自衛官が、防衛省の官房長や局長ら背広組の文官と法律上対等の立場で防衛大臣を補佐することになりました。さらに、陸海空の自衛隊の統合運用を強化するため、部隊の運用は自衛官が中心の統合幕僚監部に一元化され、文官が中心の防衛省運用企画局は廃止されました。防衛省では、戦前、軍部による政治への影響力が強まったことへの反省から、シビリアンコントロールが極めて厳格に適用され、背広組の文官が自衛隊組織の細部に至るまで介入することが、文民統制＝シビリアンコントロールの中心的要素とされてきたとも指摘されていました。