オリジナル改造モデルが、どこまで適応できるか試してみたくなりました。

質問ありがとうございます。
字数の関係がありますので、作業の一部をご紹介します。

1)腕ボーンに回転連動ボーンを入れて、
新規に入れたボーンの頂点ウェイトをひたすら設定し直す。

2)IKの回転制限などを、足の長さ比に応じて、うまくいくまで設定をいじくる。

3)滑らかに変形しない部分には、3Dソフトを使って、頂点を割るとか
これやると、頂点ウェイト設定地獄が続きます。

4)物理は、すごく悩みますね。
物理設定し始めると、頂点を弄りたくなるので、はじめからやり直し感は大きいですね。