スタートレックVS　SPACE BATTLESHIP ヤマト　MAD地球から数百光年離れた別の太陽系で地球と同じ惑星を発見したカーク達。しかし、その惑星は侵略を受けて汚染が進行していた。すでに何者かが放射能を除去する装置を送り込み、地表の放射能は正常値になりつつあったが、環境の変質でほとんどの人々が悪影響を受けて正常でなくなっているため、そのことに気がついていなかった。そして、ヤマトはイスカンダルは旅立っていった・・