金沢に住む青年徳田は、村を襲った浸蝕者と呼ばれる化け物を退治したが、右腕に呪いを受けてしまう。その正体は、何者かに銃弾を撃ち込まれ、人への憎しみから浸蝕者と化した巨大なウサギだった。徳田は呪いのため金沢を追われ、呪いを絶つためにもウサギが来た地へと旅立つ。
　道中、地侍との戦いや、謎の男谷崎との出会いを経て、徳田は神が住む森がある地に向かう。徳田は倒れていた男達を助け、彼らの村へ連れて帰る。そこは図書館という、金を作る地であるという。そこを治めている尾崎という女は、火砲を村人に作らせ、山に住むウサギや、村の金を狙う地侍たちから村を守っていた。徳田が助けた男達もウサギに襲われたもので、呪いを与えたウサギの神に銃弾を撃ち込んだのも尾崎だという。彼等は自然を破壊している自覚はあったが、ウサ神に力を賜ったウサギ達を快く思っていなかった。徳田は、憎しみを広めるなと尾崎に忠告するが、村人達にとっての尾崎は、生きる希望を与えてくれる女であった。
　その尾崎の命を、ウサギ姫が狙いにくる。その正体は山兎に育てられた人間の娘、鏡花だった。窮地に陥った鏡花を徳田は救うが、同時に彼は瀕死の重傷を負ってしまう。倒れながらも徳田は、生きろ、と鏡花に語りかけるが、人を憎む鏡花は聞く耳を持たずに、助けてくれた徳田を殺そうとする。しかし、徳田から美しいと言われた鏡花は、動揺して思いとどまる。
　鏡花は徳田を、生と死を司る神、ウサ神の前に連れて行く。ウサ神は徳田の傷を癒し、それを見た鏡花は徳田を生かすと決める。鏡花は徳田を介抱するうちに、しだいに彼に心を開いていく。徳田も、森と人が争わずに済む道は無いのかと、思い悩む。
　そのころ図書館には、尾崎にウサ神殺しをさせようとする怪しげな男達が集結していた。彼等を率いるのは谷崎である。男達は不老不死の力があるとされるウサ神の首を狙っており、尾崎達もまた、森を切り開くのをウサギ達に邪魔されぬよう、協力したのである。図書館を出発した尾崎達は、人間との最終決戦を行おうとするウサギの大群と戦争をはじめる。ところが、尾崎が留守にした図書館は、金を狙っている集団に襲われてしまうのだった───。(もののけ姫wikiより)


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