特に面白みの無い検証動画ですので興味のない方はブラウザバックどうぞ。

録画アプリのみを変更し、ほぼ同条件で1分計測後にセーブを行い、セーブ選択画面でInGameTimeを確認。
タイマーは後付けです一応。

左上： GeForceExperience 3.13.1.30のShadowPlayによる録画(グラボ側で録画処理をしてくれる為超軽量)
右下： AmaRecTV 3.10による録画(CPU側で録画処理のようなので重い)

録画時の実行アプリはGoogle Chrome、Skype、録画用のアプリ、他ゲームに影響しないような細々としたアプリ程度 。
特筆するものはGoogle Chromeで結構タブを開いていた程度ですが両録画アプリで同条件。

検証環境
Windows 7 Home Premium Service Pack 1 64bit
Intel Core i7-2600 CPU @ 3.40GHz
GeForce GTX 1050
実装メモリ：16G
DirectXバージョン：DirectX11
使用ブラウザ：Google Chrome バージョン: 65.0.3325.181（Official Build） （64 ビット）


RPGツクールMV側での修正を待たないとどうにもならなさそうですかね？

4/21追記
饗庭淵氏がプレイ時間の計測方法を修正して下さったようで現行Verでは発生しなくなったようです。