11世紀頃から発生してきた真言宗を中心とする（一部天台宗寺門派も含む）真言密教系神道理論は12世紀から15世紀にかけ両部神道を形成し、中世の日本の宗教界を支配していくことになりますが、その両部神道は主に室生山で発生した御流神道と三輪山で発生した三輪流神道が中心となって行きます。13世紀後半より形成された伊勢神道や15世紀に形成された吉田神道もこの両部神道（真言神道）を下敷きにしており、ある意味日本における「神道」という宗教を成立させた根本にもなってる存在だと言えます。