Brain-machine Interface とは、脳と機械を繋ぐ技術である。
秘密機関ZECT<ゼクト>はBMIによって、マスクドライダー・システムを開発、人の記憶はデータ化が可能となり、世界に発展をもたらした。

ある時、巨大隕石が地球に落下、海は干上がり、ワームと呼ばれる地球外生命体が侵入、人間に擬態して人間社会への潜伏・侵食を始めた。

その対応策として、複数の人間の記憶を混ぜ合わせ、新たな人間を造る非合法な実験によって。
他人の記憶しか持たない彼は“自分”に興味を抱き、“自分”を探して街に出る。
そうして訪れた街で出会った２人。


猫を思わせる涼やかな『茨木リノ』
犬を思わせる朗らかな『城門ツバサ』

彼女たちもまた、BMIの非合法な実験によって生まれた存在だった。
秘密を抱えた３人、“彼”と“彼女たち”の戦いが、ワームの脅威から人類を守るため、
選ばれた戦士=仮面ライダーとなり、ワームとの壮絶な闘いが始まった。