明治2年に東京招魂社として明治天皇の勅命により創建された時に合祀されたのは戊辰戦争での官軍の戦没者たちだけだったのが、明治１４年に靖国神社と改名し、明治１６年には幕末の薩長土佐の勤王の志士たちが国事殉難者として合祀され、本来であれば、天皇の為に戦って戦死、ないしは暗殺された者たちだけを天皇の忠臣の魂、つまり忠魂として祀り、天皇が親拝、つまり、直接参拝して顕彰慰霊するという性質の招魂社でったのだが、その後、日清日露戦争、第一次世界大戦、シベリア出兵などと戦没者が急増するうちに、戦地での病没者や軍属たちで戦地で亡くなった者たちも祭神として祀られるようになり、第一次上海事変以降は司令官の責任自決までもをが合祀の対象となって行った。
日中戦争・太平洋戦争を経て終戦を迎えると戦没者の数は飛躍的に跳ね上がり、戦後の合祀作業は困難多忙を極めるものとなった。戦後は、ＧＨＱの指導下、政教分離の立場から日本政府と靖国神社側の協力関係は戦前のようにスムーズには行かず、大きな制約を受ける中、水面下で厚生省の引揚者援護局と、旧陸海軍で構成する復員局と靖国神社、3者の間で目立たぬよう粛々と戦没者情報の交換と靖国神社での合祀作業が続けられた。
戦前は、靖国神社そのものが内務省と陸海軍省の管轄下だった為、合祀作業はスムーズに進んでいたものの、戦後は、靖国神社は民間の単一宗教法人となり、陸海軍省は廃止され、内務省は厚生省として生まれ変わっており、新憲法下、政教分離の原則が厳しくなり、合意作業は困難を極めることとなった。
しかし、厚生省の援護局も、復員局も、そして靖国神社も旧陸海軍の軍人たちが主要なポストをしめており、そして、戦前と同様に合祀がそのまま遺族恩給支給の資格対象とされることから、政府と各都道府県と靖国神社の緊密な連携が必要とされた。