戦後の昭和21年１９４６年、戦前の神祇院が廃された後、民間の神職団体であった大日本神祇会と、明治時代に出雲と伊勢で祭神論争が行われた神道事務局の後継団体の皇典講究所と、祭神論争の後、神道事務局を出て独立した神宮奉斎会の三つの民間の組織が戦前の神祇院と国家神道体制の復活を目指し、神社本庁を設立した。戦前までは国家によって運営されてきた全国神社がいきなり自活せねばならなくなるという将来への不安から、稲荷系神社を除く全国約８万社と言われる神社のほとんどがこの神社本庁に加盟した。
神社本庁は、後継者のいない神社に他の神社の宮司を兼任させ神社の第三者による乗っ取りを防いだり、神職者たちの教育研究などの機会を与える一方で、包括的宗教法人法の枠組みの中で傘下神社に多額の上納金を要求したり、宮司や役職の人事に介入したり、また、神社の財産処分などの経営にも干渉する性質を持っていた。
神社本庁の組織は、総裁をトップに、統理、総代、役人理事会から成り、総裁や統理には旧皇族者や元華族の血統のある者たちを充てたが、これはあくまで形式的な名誉職で、実験は役員会と総代が握っていた。
明治以前の神社は代々続く社家と言われる宮司家が継承していくのが普通だったが、明治以降は社家による宮司継承が禁止された為に素人上りの神職たちが神社局や神祇院によって派遣される形で神社運営がされていた。しかし、戦後になると長い伝統を持つ神社は鮭が宮司職を取り戻し、氏子たちもそれを強力に支持するという形を取り戻してきた。
しかし、国家神道形式の復活に拘る神社本庁は、反逆する宮司や女性神職による宮司継承をとことん嫌い、特に前宮司が死去して娘が宮司職を継承しようとした神社には悉く干渉し、大手神社の宇佐八幡宮や香川県の冠纓神社などを神社派遣の新宮司によって乗っ取っている。神社本庁の役員会理事や総代は、代々社家の宮司職を継承してきたような神社出身者ではなく、むしろ保守的思想が動機で神職を目指したような者が多く、一般人の家庭生まれで国学院や皇学館を卒業して神職資格を取り、本庁派遣で各地の神社の宮司を体験したのちに本庁で登り詰めて役員や総代になった者たちによって構成されているので、代々宮司の社家を守りたいとする由緒ある大手神社とそれを支える地元の氏子たちとの思惑や利害関係は大きく対立するものがあった。

こうした本庁の態度を見ても、口だけの尊王で、実際には国家神道と戦前の儒教的秩序の復活が目的で、靖国神社と同様、皇室への軽視が手に取るように見られる。
私たち日本人は日本人の真の伝統文化を取り戻すためにもこの神社本庁の解体が一日も早く実現されることを望むばかりである。