ピクミン２ではタマゴムシが高速化することがあります。
これを回避する方法はないかと調査依頼をいただいたため、調べました。
色々調べた結果、タマゴムシ以外の生物でも同様に問題が起きていそうということが分かったため、動画の内容が多くなっています。

要約すると、死骸を回収した後でその生物の新しい敵オブジェクトが作成されると、高速化するようです。
クマチャッピーの例も見ると、もう少し複雑そうではありますが。

動画で述べた例以外でも生物の動きが高速化する例があるようですが、
それらも調べるのは流石に量が多すぎるので、とりあえずここまで調べた内容をまとめています。
この調査結果が何かの役に立てば幸いです。

※調査のため、Tool-Assistedです。実機でも同様に再現できるとは思います。
※タマゴムシが出なくなる条件に関する調査
　https://youtu.be/EplHSDcCGxU

(1/15夜追記)
追記１
アカコチャッピーなどで死亡モーションがカットされる現象について、YouTubeの方でいただいたコメントによると、
生物の回転中(高速なアニメーションの再生中)に倒すことにより発生する現象とのことでした。
なお、タマゴムシでも発生します。

追記２
死骸を回収するとき、敵のアニメーションが一時的に3倍になるそうです。
動画中で述べている通り高速化したときの速さも約3倍であり、
アニメーションの速度を初期化し忘れてる説が濃厚な気がしてきました。