停職を楽しんでいた世界一ツいていない男・碇シンジは、確執のある親父の都合で引っ張り出され、初めて乗ったエヴァで使徒の殲滅に成功する。その後、上司の葛城ミサトの家に同居することになった。だが同級生の鈴原トウジから、戦闘のせいで弟が怪我をしたという理由で半殺しにされかける。まもなく第5の使徒が現れシンジは初号機で迎撃するも、ミサトの立案した作戦が逆効果となり、まるで歯が立たなかった。シンジが作戦のずさんさにブチ切れていた時、山の中腹にシェルターを抜け出し、戦闘を見物に来ていたトウジと相田ケンスケがいた。シンジはエントリープラグへ二人を避難させると、ろくな作戦を立られてないミサトに見切りをつけ、停職覚悟でナイフを片手に初号機で使徒へと突撃する。辛くも使徒のコアにナイフを突き立て殲滅に成功するが、命令無視と独断専行をミサトに咎められる。シンジは、自分の作戦ミスを棚に上げ、この期に及んで精神論を振りかざすミサトに愛想を尽かし家を出るが…。


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