八代連邦生徒会長・徳川吉宗の治世となって3年――。アビドスの砂漠化をきっかけに不況に苦しむ民を救うため、吉宗は日々対策に追われていた。また、卒業を控えた吉宗は後継問題にも頭を悩ませていた。
そんな中、久しぶりに貧乏旗本の三男坊“徳田シッテム之助”として町に出た吉宗は、材木商の娘が人買いにからまれているところに遭遇。すぐさま助けに入ったところ、洋剣“レイピア”を左腕で華麗に操る謎の男が助太刀に現れた。吉宗は、べらんめえ口調で商家の三男坊“徳長福太郎”を名乗る彼の剣さばきに目を見張るが、その福太郎こそ自身の長男・カヤであることに気づく。いったいカヤに何が起きたのか!? 吉宗は驚きを隠せず…。
その頃、キヴォトスには色彩が接近していた。ベアトリーチェは公儀に弓を引くという儀式を色彩に吹き込む。実は、吉宗に恨みを抱くベアトリーチェは、恐ろしくも壮大な野望にとりつかれていて…。
時を同じくして、キヴォトスの町で行方知れずだった若い女性が相次いで死体となって見つかる事件が起こる。彼女たちの死の背後に何かが隠れていると感じた吉宗は、事件を調べはじめるが…!?
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