おまたせしました解説編
紛らわしいことに、ネモは消されるシーンのみしか描画されておらず、現実世界に解き放たれるシーンはありません。(purged = 削除)
つまり、サイモンがしたのはこのシミュレーション世界からネモを削除したことだけで、恐らくコピーされた別のネモが解き放たれたと思われます。
ただ、これだと「全て忘れ、この世界の現実を~」のセリフと噛み合いません。忘れた、というのは微妙にニュアンスに合わないですよね。
これは予想ですがネモの複製がいくらいようとも、サイモンにとっては同じ個体として認識しているのかもしれません。