ブラック・ジャックとピノコはイギリスへ行こうとするが、ドイツの空港で出国許可が下りずに足止め。そこへ知り合いの形成外科医、西川史子が現れる。話を聞いた西川は一緒に出国しようと言いブラック・ジャックらを飛行機に案内する。その飛行機とは最新の医療機能を持ち、白拍子医師が開発したスカイ・ホスピタル。お披露目でイギリスに行くという西川、白拍子と共にブラック・ジャックらも搭乗する。だが、飛行機は離陸して間もなく、テロリスト3人に占拠されてしまう…。