トイズを失ったミルキィホームズたちを待っていたのは、屋根裏部屋での同居生活。食事も貧しくなり、4人の気持ちは徐々にささくれだってゆく。
その様子を見て喜ぶ、怪盗帝国のトゥエンティ、ストーンリバー、ラット。
彼らはミルキィホームズを監視するためにそれぞれ二十里、石流、根津に姿と名前を変え、ホームズ探偵学院に潜入しているのだ。
だが、ミルキィホームズ分裂の危機を一匹の子猫「かまぼこ」が救う。
少しづつまとまりを取り戻してゆく4人。
ところが、ある日朝食用のパンが盗まれるという事件が発生！石流はミルキィホームズたちが犯人だと決めつけ糾弾する！
ピンチに陥ったミルキィホームズたちだが･･･。

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探偵オペラ ミルキィホームズ ＃1 はこちら watch/1286687813
探偵オペラ ミルキィホームズ ＃3 はこちら watch/1287754729