東京ジュピターは消滅した。
しかしその結果、世界各地にＭＵの空中都市が出現、増殖を続け、ラーゼフォンは次元卵へと回帰してしまう。
九鬼は、巨大ドーレム・ラルゴを操りニライカナイへと迫る。
ＴＥＲＲＡはニライカナイの全島民を艦隊に移乗させ撤退を開始する。
リーリャ・リトヴァクの避難民の中にいた綾人は、船上で美嶋玲香と再会する。
気づくと2人は時の祠の前に佇んでいた。
その頃、誰もいないはずのＴＥＲＲＡ本部に１人の男の姿があった。
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