熱血キャプテン・円堂守（えんどうまもる）に引っ張られ、弱小チームだった雷門中（らいもんちゅう）サッカー部は、めきめきと実力をつけていった。雷門イレブンは、中学サッカー日本一を決める大会「フットボールフロンティア」に出場し、並み居る強豪を倒し、決勝戦に進出。激闘の末、世宇子中（ゼウスちゅう）を破りついに日本一の座を手中に収めるはずだった―。ところが決勝戦、雷門中の前に現れたのは、平和を嫌う闇の勢力によって未来から送り込まれた最強戦士軍団「オーガ」。「王牙学園（オーガがくえん）」と名乗る彼等の目的は、「平和すぎる時代」を作り出す原因となった、過去の“あの出来事”を変えることにあった。その出来事とは、８０年前のフットボールフロンティア決勝戦での雷門中の優勝。ここから歴史が変わったというのだ…。大ヒットを更新するＤＳソフトを始め、テレビアニメ、まんが、トレーディングカードゲームと人気を拡大し続ける大ヒット作品が、いよいよスクリーンに登場！強力助っ人も登場する雷門イレブンと、未来から来た最強軍団オーガ。我らが雷門イレブンは、現在を守ることが出来るのか？時空を超えた史上空前の超次元サッカーバトルが、いま、始まる！!