ドクター・フライとマックは、大学時代良き友人でありライバルでもあった。しかし研究者としてお互いの歩む道は異なっていた。人工知能を搭載するトレインヒーロー達の能力を信じ、レーザーレールの開発に邁進するマック。一方フライは、一人自身が開発した新型エンジンを積んだ飛行船「ジャック」の飛行テストを始める。順調に進んでいたのだが、やがて不測の事態が発生する。救助を待つフライの前に現れたのは、トレインヒーロー達の姿であった。