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日本のある都市。海鳴市で暮らす平凡な小学三年生、高町なのは。
ある日、なのはは、異世界から訪れた少年ユーノと出逢う。
ユーノの目的は、海鳴市に散らばった異世界の遺産。

「ジュエルシード」の回収。

暴走したジュエルシードからユーノを助けようとしたなのはは、自身に「魔法」の才能がある事を知る。
危険なジュエルシードを回収するため、なのははユーノと協力し、ユーノから託された知性を持った魔導端末「魔導師の杖」レイジングハートとともにジュエルシードの捜索を開始する。

だが、同じくジュエルシードを捜索している少女がいた。

少女の名はフェイト・テスタロッサ。
「母の願いを叶えるため」戦い、奪う事に心を痛めながらジュエルシード収集を行うフェイト。
その悲しみを感じ取るなのは。
戦いの中、二人は互いに力と心をぶつけ合い、なのはは自身の想いを伝えようとする。

娘であるフェイトに対して、冷酷とも思える態度を取るフェイトの母・プレシア・テスタロッサ。

届かぬ母への想いを胸に、幼い頃、誰よりも優しかった母の笑顔を取り戻すために戦うフェイト。

自身を救い、育ててくれたフェイトを守りたいと願うフェイトの使い魔アルフ。

フェイトを救いたいと願うなのは。

そんななのはを支えるユーノ。

だが、物語は、意外な展開を見せてゆく――。
企画・製作：NANOHA The MOVIE 1st PROJECT　原作・脚本：都築真紀　監督：草川啓造　キャラクターデザイン・総作画監督：奥田泰弘　美術監督：片平真司　色彩設計：田﨑智子　撮影監督：中山敦史　編集：関一彦　音響監督：明田川仁　主題歌・挿入歌：水樹奈々（キングレコード） 　エンディングテーマ：田村ゆかり（キングレコード） 　音楽：佐野広明　アニメーション制作：セブン・アークス　配給：アニプレックス