恋人の義体技師ホセと逢瀬を交わす草薙素子のもとに仲間となったバトーから西ノ内のビルで起きた爆弾テロの急報が届く。現場に急行し制圧するとテロリストたちはファイア・スターターと噂される超ウィザード級ハッカーにより偽の記憶が植え付けられ、更に主犯のカルディス人の胸にはかつてクザン共和国で起きたカルディス人独立戦争の英雄“スクラサス”のシンボルマークであるティアドロップ・ダガーの刺青が刻まれていた。それを見た素子は「スクラサスは戦争中に死んだはず」と断言する。
同じ頃、山の手のダムで起きた爆発でひとりの刑事が殺されていた。その所持品には“人魚の脚（ＭＥＲＭＡＩＤ’Ｓ ＬＥＧＳ）”という店名の名刺と、“エアリアル”というタグのついた義体の脚部が遺されていた。事件を捜査する新浜県警の刑事トグサは、クザン共和国水企業の代表者サイード博士にたどり着く。
会議場の爆発物はなにか？　ファイア・スターターの正体とは？　ふたつの事件が交錯するとき、蘇ったスクラサスの狙いが明らかになる――。
原作：士郎正宗／監督・キャラクターデザイン・作画監督：黄瀬和哉／シリーズ構成・脚本：冲方 丁／メカニックデザイン：柳瀬敬之／美術監督：竹田悠介・益城貴昌／プロップ・美術設定：荒川直樹／美術設定：加藤 浩（ととにゃん）／３ＤＣＧ監督：井野元英二／撮影監督：田中宏侍／モーショングラフィック：荒木宏文／特殊効果：村上正博／編集:植松淳一／音楽：コーネリアス／音響監督：岩浪美和／エンディングテーマ：ショーン レノン コーネリアス「Ｈｅａｒｔ Ｇｒｅｎａｄｅ」（作詞：ショーン レノン　作曲・編曲：小山田圭吾）／演出：浜名孝行／アニメーション制作：Ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ Ｉ.Ｇ／製作：「攻殻機動隊ARISE」製作委員会