人間に擬態し潜伏した「怪獣９号」の捜索が続く中、ミナ不在の立川基地に突如、怪獣の群れが襲来！　群れることのない翼竜系怪獣たちを束ねる首魁は、人語を解し知性を持った新たな“大怪獣”だった。その怪獣は戦いを楽しむかのように、その場で一番強い隊員＝保科に狙いを定める。
原作：松本直也（集英社「少年ジャンプ＋」連載）　監督：宮　繁之　神谷友美　シリーズ構成・脚本：大河内一楼　キャラクターデザイン・総作画監督：西尾鉄也　怪獣デザイン：前田真宏　美術監督：木村真二　色彩設計：広瀬いづみ　3D監督：松本　勝　撮影監督：荒井栄児　編集：肥田　文　音響監督：郷文裕貴　音楽：坂東祐大　怪獣デザイン＆ワークス：スタジオカラー　アニメーション制作：Production I.G