ライガーゼロが何者かに奪われた！新種のゾイド、ザバットにゼロを奪われたビットは、ジェミーのプテラスで追い掛けるが、撃墜。ライガーゼロはホエールキングに収容されてしまう。リノンをエサにハリーの財力を使ってホエールキングの行方を追うトロス博士だったが、それも徒労に終わる。　翌日、ジープに乗ってライガーゼロを探すビットの前に現れた謎の女性。彼女はバックドラフト団の一味だった。彼女に連れられ、アルタイルの元を訪れるビット。そこでは操縦者と馬の合わないライガーゼロが暴れていた。ビットとライガーゼロの間には特殊な力があると睨んだアルタイルが、ビットを呼んだのだった。アルタイルに「バックドラフト団に入らないか」と勧誘されるビット。即座に断るビットに、アルタイルは「断るならばライガーゼロを破壊する」と脅すが・・・。

ビット･クラウド:櫻井孝宏／リノン･トロス:川澄綾子／バラッド･ハンター:松風雅也／ジェミー･ヘメロス:斎賀みつき／スティーブ･トロス:中村大樹／ハリー･チャンプ:高木渉／ナオミ･フリューゲル:夏樹リオ／ジャック・シスコ:藤原啓治／レオン･トロス:千葉進歩／ナレーション:堀川仁／ダークジャッジマン:田中総一郎／ラオン博士:長島雄一／セバスチャン:千葉進歩／ベンジャミン:酒井敬幸／ベガ・オブスキュラ:くまいもとこ／サラ・オブスキュラ:相沢恵子

企画:丸谷嘉彦、久保雅一、吉田紀之／原案協力:佐上靖之、田島豊／監督:加戸誉夫／助監督:星合貴彦／シリーズ構成:隅沢克之／キャラクターデザイン:坂﨑忠／プロップデザイン:尾形雄二／3DCGプロデューサー:藤井篤／3DCGディレクター:茶屋知樹／美術監督:朝倉千登勢／色彩設計:伴夏代／撮影監督:広瀬勝利／編集:山森重之／音響監督:明田川仁／音楽:大谷幸／アニメーションプロデューサー:下地志直、千野孝敏、平松巨規／プロデューサー:中沢利洋、諸冨洋史／3DCG制作:小学館ミュージック&デジタル エンタテイメント／アニメーション制作:XEBEC／製作:小学館集英社プロダクション、毎日放送

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