ブルーシティで次々とゾイドが襲撃される事件が発生。その襲撃者は見えないゾイド・『伝説のゾイド』だという。真偽を確かめるためダンと共に調査に乗り出すRD。だが、その魔の手はシグマのボルドガルドにまで。再起不能にまでボルドガルドを痛めつけると、再び消え去る見えないゾイド。それを操縦するのはエミーの昔馴染みであるキッド。彼の目的は己の強さを示すことだった。RDは、敵を打つために治安局に協力し戦いを挑むが・・・。

RD:野島 健児／スイート:中村 千絵／マスクマン:中田 譲治／ホップ:坂口 哲夫／シグマ:勝 杏里／エミー:水野 愛日／ブレード:間島 淳司／サンドラ:湯屋 淳子／バートン:石野 竜三／ガミー:梁田 清之／チャオ:恒松 あゆみ／ディド:保村 真

企画協力:小学館キャラクター事業センター、TOMY ZOIDSチーム／スーパーバイザー:田島 豊、秋本 武英／監督:蒔田 浩二／キャラクターデザイン:渡部 圭祐／CGIディレクター:山口 頼房／CGIテクニカルディレクター:中一 太志／美術監督:吉川 洋史／撮影監督:今泉 秀樹／色彩設計:阿部 みゆき／音楽監督:小室 哲哉／音響監督:明田川 仁／編集:櫻井 崇／音響プロデューサー:南沢 道義、西名 武／アニメーションプロデューサー:木村 健吾／プロデューサー:東 不可止（テレビ東京）、中沢 利洋／CGIクリエイティブ:小学館ミュージック＆デジタル エンタテイメント／CGIプロデューサー:西山 宗弘／アニメーション制作:東京キッズ／製作:テレビ東京、小学館集英社プロダクション／オープニングテーマ:「enemy of Life」作詞・作曲・編曲：小室 哲哉　歌：２am（R and C Ltd.）／エンディングテーマ:「self control 2004」作詞・作曲・編曲：小室 哲哉　歌：２am（R and C Ltd.）

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