七つ目のバッジをゲットするためにトクサネ島を目指すサトシたちは、中継地のレフレ島に向かう途中、小舟で漂うバネブーを見つける。またしても頭の上の真珠を落としてしまったバネブーを助けるために、ポケモンたちは海に潜って探すがなかなか見つからない。困っている一行の前に、イザキという紳士が現れ、“２まいがいポケモン”のパールルを探すようにアドバイスを受ける。イザキに案内されてサトシたちは、パールル研究所で貴重な青い真珠を見せてもらう。お宝を奪おうとするロケット団の前に、突然怪しい影が現われて横取りされてしまい・・・そしてパールルが行方不明に！一体どこに消えたのか！果たして青い真珠はどこに！？

サトシ:松本梨香／ピカチュウ:大谷育江

総監督:湯山邦彦／監督:日高政光、須藤典彦

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