突如姿を現した、謎のポケモン、デオキシスによって連れ去られてしまった、マサトとニャース。非常事態のため休戦モードに入ったサトシとロケット団は、ポケモンレンジャーのヒナタと共に仲間を救出する事に。情報によると、異常事態とデオキシスの出現は、１０年前に付近に落下した隕石と関係があるらしい。その落下ポイントをめざし急ぐ一行、しかしそこに待ち受けていたのはマサトたちを連れ去ったデオキシスであった…！！

サトシ:松本梨香／ピカチュウ:大谷育江

総監督:湯山邦彦／監督:日高政光、須藤典彦

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