10年前、火星探査機が持ち帰ったパンドラボックスから放たれた光によって地面が隆起、巨大な壁が出現した。世に言う「スカイウォールの惨劇」…。日本は3つに分割され、それぞれに北都、西都、東都という首都が誕生。互いに対立していた。そして現在。東都では、謎の未確認生命体スマッシュが出現。戦兎（犬飼貴丈）は人知れず仮面ライダービルドに変身し、スマッシュと戦う日々を送っていた。しかし、戦兎にはここ20数年間の記憶がない。わずかに覚えているのは「ガスマスクの科学者、人体実験、コウモリ男…」のみ。それが一体何を意味するのか？戦兎は東都先端物質学研究所に就職。ビルドとしての戦いを続けながらも、研究者としてパンドラボックスの謎の解明を担当することになる。そのころ、殺人罪で服役中だった龍我（赤楚衛二）が脱獄。その龍我からスマッシュの反応が検出された。戦兎は龍我を捕まえようとするが、無実を訴える龍我から意外な事実を聞かされて…。