タソガレドキ忍者・諸泉尊奈門との決闘に向かった後、消息を絶ってしまった土井先生―　山田先生と六年生による土井先生の捜索が始まる中、担任不在の一年は組では、タソガレドキ忍軍の忍び組頭・雑渡昆奈門と、尊奈門が教壇に立つことに！そんな中、きり丸は偶然、土井先生が置かれた状況を知ってしまうのだった。一方、土井先生捜索中の六年生の前に突如現れたのは、ドクタケ忍者隊の冷徹な軍師・天鬼。その顔は、土井先生と瓜二つで―　果たして乱太郎、きり丸、しんべヱたちは、土井先生を取り戻すことができるのか―⁉︎

乱太郎:高山みなみ／きり丸:田中真弓／しんべヱ:一龍斎貞友／土井半助:関俊彦／山田伝蔵:大塚明夫／山田利吉:岡野浩介／稗田八方斎:間宮康弘／雑渡昆奈門:森久保祥太郎／諸泉尊奈門:代永翼／桜木清右衛門:大西流星／若王寺勘兵衛:藤原丈一郎

原作:「落第忍者乱太郎」尼子騒兵衛（朝日新聞出版刊）/テレビアニメシリーズ「忍たま乱太郎」/「小説　落第忍者乱太郎　ドクタケ忍者隊　最強の軍師」（原作・イラスト：尼子騒兵衛/小説：阪口和久/朝日新聞出版刊）／監督:藤森雅也／脚本:阪口和久／音楽:馬飼野康二／キャラクターデザイン:新山恵美子／副監督:根岸宏樹／アクション作画監督:関根昌之／美術監督:川口正明（アトリエローク07）／撮影監督:林コージロー（グラフィニカ）／色彩設計:村田恵里子（グラフィニカ）／編集:坂本雅紀（森田編集室）／音響監督:大熊昭／音響効果:庄司雅弘／音響制作:AUDIO PLANNING U／アニメーション制作:亜細亜堂／主題歌:「ありがとう心から」／テーマ曲:「勇気100％」なにわ男子（ストームレーベルズ）

©尼子騒兵衛／劇場版忍たま乱太郎製作委員会